《福建医科大学学报》（CN:35-1192/R）创刊于1959年，由福建医科大学主管主办的综合性医药卫生类学术刊物。本刊主要登载广大医疗、教学、科研工作者在医药科研领域中所取得的新理论、新成果、新经验、新技术、新方法。

《福建医科大学学报》1989年福建省高校学报自然科学学报优秀编辑质量评比二等奖；1992年福建省首届优秀科技期刊评比二等奖；1993年华东地区优秀期刊评比二等奖；1995年福建省高校自然科学学报系统优秀学报评比二等奖；1995年全国高校自然科学学报系统优秀学报评比三等奖；1996年福建省第二届优秀科技期刊评比二等奖；1999年福建省高校自然科学学报系统优秀学报评比一等奖；2004-2006年被国家科技部收录为"中国科技论文统计源期刊"（中国科技核心期刊）；2004年全国高校优秀科技期刊评比二等奖。